Universidades têm vivido um "problema" em relação às cotas para estudantes que concluíram o ensino médio em escolas públicas: filhos de militares, que estudaram em colégios militares, vêm utilizando as cotas para ingressar no ensino superior.
A prática não é ilegal, mas é baseada em um privilégio, já que os colégios militares não oferecem vagas de maneira democrática para todos - os filhos de militares possuem vagas reservadas.
Mesmo sendo escolas públicas, alguns colégios chegam a oferecer apenas 5% de suas vagas para filhos de civis. As universidades federais reservam 50% de suas vagas para estudantes do ensino público.
Segundo o Metrópoles, a UFRJ matriculou no ano passado 71 alunos do Colégio Militar do Rio de Janeiro aprovados por meio de cota, ano que apenas 50 estudantes do colégio eram civis.
Os colégios militares, com respaldo da Advocacia Geral da União, se consideram colégios públicos em relação às cotas. Um parecer de março de 2020 diz que as escolas militares são "possuidoras de natureza jurídica de instituições educacionais públicas, devendo seus alunos ser considerados como egressos de escolas públicas para todos os fins e direitos”.