Com a ida de Ciro Nogueira (Progressistas-PI) para a chefia da Casa Civil do governo Bolsonaro , o senador Flávio Bolsonaro assumirá uma vaga de suplente na CPI da Covid. Já Luís Carlos Heinze (PP-RS), conhecido por ser defensor assíduo de medicamentos ineficazes para Covid-19, deixará a suplência e se tornará titular da Comissão. A alteração já foi oficializada pela cúpula da CPI.
Flávio Bolsonaro já participava da CPI de forma esporádica. Com a mudança, deve ter presença mais frequente nas oitivas da comissão e atuará como mais uma arma dos governistas na defesa do governo federal.
O senador protagonizou diversas discussões com o relator da comissão, Renan Calheiros (MDB-AL), e chegou a acionar o Conselho de Ética do Senado contra o relator por sua atuação na CPI.