Após a demissão nesta quarta-feira do almirante Bento Albuquerque da pasta de Minas e Energia, apenas três ministros que tomaram posse no início do governo Jair Bolsonaro permanecem em seus cargos: Paulo Guedes (Economia), general Augusto Heleno (Gabinete de Segurança Institucional) e Wagner Rosário (Controladoria-Geral da União).
Os dois primeiros estão com Bolsonaro desde a campanha. Já Rosário, que já estava à frente da CGU no governo Michel Temer, seguiu no posto e ganhou a confiança do titular do Palácio do Planalto.
O presidente do Banco Central, Roberto Campos Neto, tomou posse como ministro em 2019, mas no caso dele foi a instituição que perdeu o status de ministério. Por outro lado, a autoridade monetária ganhou novo status de independência, e o cargo não vai mais ser diretamente ligado aos mandatos presidenciais, pois seu titular terá mandatos fixos.
Todos os demais ministros deixaram o governo em meio à crise ou, mais recentemente, para ficarem disponíveis para disputar as eleições em outubro. No final de março, dez ministros saíram do governo para serem candidatos, entre eles o ministro da Defesa, Walter Braga Netto, cotado como vice de Bolsonaro na chapa para a reeleição.
As pastas com o maior número de trocas foram a Educação e a Secretaria-Geral. O MEC já está em seu quinto ministro. Victor Godoy assumiu a pasta após a demissão do ex-ministro Milton Ribeiro em meio a suspeitas da atuação de pastores lobistas no MEC, no final de março. Antes lideraram a pasta Ricardo Vélez, Abraham Weintraub e, nomeado mas sem tomar posse, Carlos Decotelli.
A Secretaria-Geral também já teve cinco ministros diferentes. Foi na pasta que ocorreu a primeira demissão do governo. Coordenador da campanha de Bolsonaro, o advogado Gustavo Bebianno foi exonerado após apenas 48 dias de governo devido a uma crise envolvendo o filho do presidente e vereador Carlos Bolsonaro (Republicanos-RJ).
Depois dele passaram pelo ministério, o general Floriano Peixoto, o atual ministro do Tribunal de Contas da União, Jorge Oliveira e o ex-ministro e deputado Onyx Lorenzoni (PL-RS). Atualmente, a Secretaria-Geral da Presidência é chefiada pelo ministro Luiz Eduardo Ramos.
Outras trocas significativas ocorreram na Saúde em meio à pandemia da Covid-19. Luiz Henrique Mandetta deixou o governo em abril em 16 de abril de 2020 após divergências como o presidente Bolsonaro sobre o enfrentamento à crise sanitária. Mandetta foi substituído pelo médico Nelson Teich, que pediu demissão antes de completar um mês no cargo.
O general Eduardo Pazuello, então secretário-executivo da pasta, assumiu o ministério interinamente, mas depois foi efetivado. Pressionado pelo Centrão alto número de mortes causadas pela Covid-19, Pazuello deixou a Saúde em março de 2021. Desde então, a Saúde é comandada pelo ministro Marcelo Queiroga.