Nomeado pelo prefeito Bruno Covas como o novo secretário de Educação da cidade de São Paulo, Fernando Padula já foi acusado de participar do suposto esquema de fraudes e desvios conhecidos como a "máfia da merenda", que repercutiu durante a gestão do ex-governador Geraldo Alckmin (PSDB).
À época, em 2014, Fernando Padula era chefe de gabinete da Secretaria de Educação do estado, período em que, de acordo com o Ministério Público, foram cometidas as irregularidades.
Em 2018, Padula foi denunciado por corrução passiva. O processo está em tramitação na Justiça Federal. O secretário também foi acusado de improbidade administrativa.
Segundo o advogado de Padula, ele é inocente e não tem ligação com as supostas irregularidades apontadas nas ações.
Padula é amigo de Covas de longa data. Juntos, frequentaram o Clube dos Tucaninhos durante a infância.O secretário ganhou notoriedade em meio aos protestos de alunos de escolas estaduais contra a reorganização escolar, quando várias unidades foram ocupadas, em 2015. Na ocasião, quando era chefe de gabinete, usou a palavra "guerra" no contexto dos protestos, o que acirrou os ânimos entre estudantes.