Corte de Haia, localizada na Holanda, recebeu recentemente um processo contra Jair impetrada pela ONG All Rise que acusa o mandatário de destruir a Amazônia.
A primeira denúncia, protocolada em novembro de 2019 pelo Coletivo de Advocacia em Direitos Humanos (CADHu), alegou que a política do governo Bolsonaro incita "genocídio dos povos indígenas". A ação baseia-se na diminuição da fiscalização e na omissão ao socorro à população originária brasileira.
A Associação Brasileira de Juristas pela Democracia (ABJD) denunciou Bolsonaro em abril de 2020 em decorrência da gestão federal na condução da pandemia. O documento entrege à Corte acusa o presidente de "atitudes absolutamente irresponsáveis". "Por ação ou omissão, Bolsonaro coloca a vida da população em risco, cometendo crimes e merecendo a atuação do Tribunal Penal Internacional para a proteção da vida de milhares de pessoas", alega o grupo.
Em junho de 2020, o PDT foi ao Tribunal Penal Internacional protocolar uma denúncia contra o presidente por crime contra a humanidade. Segundo a sigla, o governo Bolsonaro contrariou determinações da OMS e, com isso, atuou contra a redução de contágios, internações e mortes de brasileiros. O partido afirmou que "ressoa inconteste que as falas irresponsáveis proferidas pelo presidente da República, sobre o novo coronavírus, influenciam o comportamento dos cidadãos para o descumprimento das medidas necessárias ao combate do Covid-19".
A Corte de Haia recebeu, em agosto de 2001, uma denúncia da Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (Apib) contra o Bolsonaro por agir "de forma deliberada para exterminar etnias". Segundo a instituição, "a política anti-indígena em curso no Brasil hoje é dolosa. São atos articulados, praticados de modo consistente durante os últimos dois anos, orientados pelo claro propósito da produção de uma nação brasileira sem indígenas, a ser atingida com a destruição desses povos, seja pela morte das pessoas por doença ou por homicídio, seja pela aniquilação de sua cultura, resultante de um processo de assimilação".
Em setembro de 2001, o Movimento Brasil Livre (MBL) impetrou uma ação contra o presidente Jair Bolsonaro o acusando de genocídio. O coordenador do grupo, Renato Battista, relatou na época que o mandatário "rejeitou vacinas intencionalmente, além disso, incentivou o povo a não se vacinar. Esse canalha sempre agiu a favor do vírus e deve ser responsabilizado pelos seus crimes".