Mesmo após aceitar comandar o Ministério da Justiça e Segurança Pública no governo Bolsonaro Sérgio Moro ainda pode ter problemas por conta de sua atuação como juiz. O Conselho Nacional de Justiça (CNJ) decide no próximo dia 11 de dezembro se abre um processo por conta das decisões do então magistrado de revogar um pedido de liberdade para Lula em julho.
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No dia 08 de julho, o desembargador Rogério Favreto , plantonista judiciário, concedeu habeas corpus a Luiz Inácio Lula da Silva alegando que um fato novo, a eleição, era suficiente para que o petista ficasse em liberdade.Na época, o ex-presidente era pré-candidato do PT à presidência da República. Mesmo de férias, Sérgio Moro enviou uma decisão proibindo que a Polícia Federal soltasse o político sem o consentimento do Tribunal Regional Federal da 4ª Região, que o condenou em 2ª instância.
O presidente do TRF-4, o juiz Thompson Flores, pôs fim no impasse jurídico em torno da soltura do ex-presidente Lula decidindo que o que valia era a decisão de João Pedro Gebran Neto, relator do caso e, assim como Moro, contrário ao habeas corpus.
O episódio gerou oito questionamentos do CNJ, que pretende interrogar Gebran Neto, Thompson Flores, Rogério Favreto e Sérgio Moro para entender se há necessidade de punição a algum magistrado pela confusão gerada.
Na época, advogados de Lula criticaram Moro e a Força-Tarefa da Lava Jato por interferirem em decisões jurídicas que prejudicaram o cliente diante da indefinição sobre sua soltura.
Como Sérgio Moro pediu exoneração do cargo de juiz federal dias após aceitar o convite para ser ministro, o corregedor do CNJ, Humberto Martins decidiu paralisar o procedimento para analisar se, mesmo após deixar a magistratura, ele pode ser processado.
As punições do CNJ são administrativas e podem levar, no nível mais alto a aposentadoria compulsória do juiz, o que, no caso de Moro, nada valeria, afinal ele já abandonou a magistratura.
Diante dos pedidos de esclarecimento do próprio Sérgio Moro , Humberto Martins decidiu dar o prazo até 11 de dezembro para que a decisão seja tomada.