A União questionava a decisão sob os argumentos de que o julgamento do TRF feriu o princípio da separação dos poderes e de que não houve estudos para a inclusão da cirurgia na tabela do SUS e de fixação de critérios técnico-científicos para a realização das operações.

Ellen Gracie disse, em sua decisão, reconhecer o sofrimento que enfrentam os transexuais, mas afirmou que os casos devem ser tratados individualmente e ressaltou que o ato do TRF provoca lesão à ordem pública.

"Não desconheço o sofrimento e a dura realidade dos pacientes portadores de transexualismo, que se submetem a programas de transtorno de identidade de gênero em hospitais públicos, entrevistas individuais e com familiares", argumentou.

Porém, ponderou a ministra, a obrigação de prover o SUS de condições para essas cirurgias demandaria remanejamento de recursos e provocaria problemas orçamentários no sistema de saúde.