Durante a última legislatura, Pedro Henry teve o nome envolvido nos esquemas de corrupção do mensalão e dos sanguessugas, mas foi absolvido nos dois casos.

No Supremo Tribunal Federal (STF) consta ação em que Henry é réu por suposta participação no caso do valerioduto. A denúncia, que inclui os ex-ministros José Dirceu (Casa Civil) e Luiz Gushiken (Secretaria de Comunicação), foi proposta pelo procurador-geral da República, Antonio Fernando de Souza.